C'est à cette berline, lancée comme année-modèle 2006 sous le nom de Zephyr, que revient le rôle de modèle d'entrée de gamme chez Lincoln. Elle n'aura porté le nom de Zephyr que pendant une seule année (2006) avant de voir son nom changé pour MKZ afin de respecter la nouvelle nomenclature adoptée par Lincoln (MKS, MKT, MKX, MKZ).

La MKZ utilise la même plateforme que la Ford Fusion, elle-même utilisant une version adaptée de la plateforme de la Mazda6. À noter que Ford est partenaire de Mazda et détenait, jusqu'en 2008, 33,4% des parts de Mazda Motors (elle n'en détient plus que 13% présentement).